Con el objeto de preservar el registro fósil de Villa de Leyva, se creó el 12 de junio de 1972 el Museo Paleontológico, ubicado en la vía Santa Sofia a 5 KM de La Villa. Las puertas están abiertas al público con el fin de dar a conocer algunos de los fósiles encontrados en su mayoría en el pueblo boyacense. El Museo cuenta con más de 500 fósiles de aproximadamente 130 millones de años de antiguedad. Allí se encuentra gran variedad de amonitas, bivalvos, gasterópodos, reptiles marinos y peces de todos los tamaños. Actualmente es el centro de investigación de la Universidad Nacional de Colombia.